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为了使胚胎干细胞对人体有用，研究人员必须确定干细胞会分化为所需的特定细胞类型。
研究人员已经发现了将干细胞转变为特定类型细胞的方法，例如将胚胎干细胞转变为心脏细胞。该领域的研究正在进行中。
胚胎干细胞也可以不规则生长或自发分化为不同类型的细胞。研究人员正在研究如何控制胚胎干细胞的生长和分化。
胚胎干细胞还可能引发免疫反应，受者的身体会将干细胞当作外来入侵者的身份进行攻击，或者干细胞可能根本无法正常发挥功能，出现不明后果。研究人员将继续研究如何避免这些可能出现的并发症。
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